Profesor Szaflik – wieloletni Kierownik Katedry i Kliniki Okulistyki II Wydziału Lekarskiego Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, autor i współautor blisko 290 publikacji naukowych, 16 podręczników, redaktor naczelny 2 czasopism medycznych i prelegent ponad 325 konferencji krajowych oraz zagranicznych.
Jako prekursor okulistyki, stworzył Bank Tkanek Oka w Warszawie, który rozpoczął swoją działalność w 1995 roku.
W 1996 r. powołał do życia Centrum Mikrochirurgii Oka Laser.
Profesor Szaflik wraz z międzynarodowym zespołem badaczy skupił się na problemach genetyki okulistycznej oraz wdrożył technikę zabiegu pozatorebkowego usunięcia zaćmy. Jako jeden z pierwszych polskich chirurgów wprowadził nowoczesną metodę chirurgicznego usuwania zaćmy – fakoemulsyfikację, a w ostatnim czasie również usuwanie zaćmy przy użyciu lasera femtosekundowego.
Jest współczesnym twórcą warszawskiej szkoły okulistycznej. Wśród jego wychowanków są czterej profesorowie, 6 doktorów habilitowanych, był promotorem 26 prac doktorskich, recenzentem wielu rozpraw habilitacyjnych i doktorskich.
Profesor Szaflik ściśle współpracuje z Klubem GiA RP w zakresie ochrony zdrowia jego członków oraz ich rodzin, szczególnie w poprawy wzroku.